Przystanek osobowy PKP Warszawa Miedzeszyn znajduje się na linii kolejowej Warszawa Wschodnia – Dorohusk. Zatrzymują się tu pociągi warszawskiej Szybkiej Kolei Miejskiej i Kolei Mazowieckich. Przystanek składa się z jednego zadaszonego peronu położonego między dwoma torami, do którego prowadzą z obu krańców dwa naziemne przejścia przez tory [1].

Jest to modernistyczny przystanek w układzie wyspowym [2] wykonany według wspólnego projektu linii otwockiej (pozostałe istniejące stacje i przystanki to Warszawa Międzylesie, Warszawa Radość, Warszawa Falenica, Michalin, Józefów oraz Świder) [1]. Perony dostosowane do ruchu podmiejskiego mają 190 metrów długości [12] co odpowiada długości składu pociągu. Płyta peronu ma szerokość 8.7 metra z pochyłymi bocznymi ściankami oporowymi, wykonanymi z powtarzalnych płyt żelbetowych, wsuniętych pomiędzy pochyłe słupki [14].

Jedynym obiektem na peronie jest żelbetowa wiata o długości 54 metrów wsparta na jednym rzędzie kwadratowych betonowych słupów o rozstawie wynoszącym 9 m [14]. Zaletą takiego układu jest podział oczekujących na pociąg zgodnie z kierunkami ruchu [6]. Na wysokości 2.65 metra nad peronem znajdują się wspornikowo zamocowane do słupów łupiny żelbetowego zadaszenia. Wygięte płyty wydają się ożywiać betonową strukturę przypominając zatrzymane w locie rozpostarte skrzydła [14]. Skrzydlata konstrukcja umożliwia lepsze odprowadzanie wody, gdyż w środkowej części (gdzie łączą się obie połówki dachu), umieszczono rynny. Cały układ odwodniający wraz z kolektorami umieszczony został wewnątrz peronów [12]. Kształt i wysokość wiaty zostały tak dobrane, aby zapewnić jak najlepszą osłonę od deszczu przy zachowaniu dostatecznego naświetlenia peronu [6].

Pod wiatą zlokalizowano budynek mieszczący pomieszczenie służbowe (kasy) i poczekalnię [6] z barkiem [1]. Opływowe kształty poczekalni i kas zaprojektowane zostały na wzór wagonów kolejowych. Poczekalnia ma 32 m2 [12] i obecnie jest nieczynna [2]. Wewnątrz mogło znaleźć schronienie około 50 osób (20 miejsc siedzących i 30 stojących). Ściany boczne zostały wyłożone klinkierem do wysokości 120 cm [12]. Główny element wyposażenia poczekalni stanowiła długa profilowana ławka wykonana z poziomych listewek ustawiona wzdłuż ściany. Rytm poziomych panoramicznych okien ułatwiał pasażerom obserwację obu stron peronu. Poczekalnia była ogrzewana piecem [14].

Linia kolejowa została uruchomiona w 1910 roku jako Kolej Nadwiślańska [4]. Przystanek (bez infrastruktury) nosił wówczas nazwę Miedzieszyn (od 1910 roku) i Miedzeszyn (od 1915 roku) [3].

W 1933 roku podpisano umowę na elektryfikację trzech linii kolejowych wychodzących z Warszawy [6] do Otwocka, Żyrardowa i Mińska Mazowieckiego. Zawarto umowę między PKP i konsorcjum Contractors Committee for the Electrification of Polish Railways, które tworzyły brytyjskie English Electric oraz Metropolitan Vicers Electric Export. Zamówiony tabor wykonały z zastosowaniem angielskiej aparatury trzy krajowe fabryki: Lilpop, Rau & Loewenstein z Warszawy, H. Cegielski z Poznania i Zieleniewski i Fitzner-Gamper z Sanoka [8].

W wyniku prac zbudowano dwanaście ujednoliconych architektonicznie stacji i przystanków [6]. Prace projektowe prowadziło Biuro Projektów i Studiów PKP we współpracy z Biurem Elektryfikacji Węzła Kolejowego Warszawskiego oraz Dyrekcją Okręgową Kolei Państwowych w Warszawie, pod nadzorem Ministerstwa Komunikacji. Wzorowano się w znacznym stopniu na berlińskim S-bahnie [8]. Większość dostępnych źródeł wskazuje jako autora Kazimierza Centnerszwera z Biura Projektów i Studiów PKP, jednak oficjalnie nie udało się potwierdzić nazwiska architekta [13]. Prace budowlane prowadzone były przez firmę Sznejko i Brandt Inżynierowie [9].

Stacje należały do najnowocześniejszych w Europie. Zastosowano w nich żelbetowe dachy o konstrukcji łupinowej oraz nowoczesne jak na tamte czasy perony wysokie (krawędzie peronów umieszczono na wysokości 960 mm nad główką szyny, co wypadało na wysokości podłogi w wagonie [9]) [12]. Konieczne było odsunięcie jednego z dwóch równoległych torów o 12 metrów [8]. Do podwyższenia peronów zdecydowano się zastosować tańsze, pochyłe ścianki, które były budowane z elementów prefabrykowanych [6]. Perony zakończone były od strony wejścia podróżnych pochylnią ze spadkiem 1:7 dla wózków bagażowych, a z drugiego krańca schodkami służbowymi. Krawędź peronu wyłożona została pierwotnie płytami betonowymi, zaś na pozostałej powierzchni żwirem, zamienionym później na kostkę bazaltową [14]. Cokoły słupów i budynków wyłożono płytkami ceramicznymi. Wybrano cztery kolory płytek, które miały się powtarzać na co czwartej stacji [6] w dolnych partiach słupów wiat i cokołach poczekalni. Umieszczone zostały na budynku poczekalni zegary napisy kierunkowe dla lepszej orientacji podróżnych. Powstały też betonowe napisy z nazwami stacji umieszczone w szczytach wiat pomiędzy słupkami żelbetowych kratownic. Poza wiatami powstały wysokie latarnie na betonowych postumentach dopasowane stylistycznie oraz cztery tablice informacyjne z nazwami stacji na wysokości wzroku pasażerów w pociągach [14].

Projekt przewidywał na peronach w drugim krańcu okrągłe pawilony-kioski z gazetami i słodyczami, które miały zostać wybudowane przez zainteresowane firmy zewnętrzne (obiekty te jednak nie powstały). Miały one również zostać obłożone płytkami w odpowiednim kolorze [14].

Zakładano, że tylko niewielka cześć pasażerów, ze względu na częsty ruch pociągów, będzie czekać na samym peronie [6]. Czas oczekiwania wahał się między kwadransem, a trzydziestoma minutami, dlatego perony poza wiatą nie zostały zadaszone [14].

W pierwotnym etapie umieszczono tymczasowe kasy w drewnianych budynkach kasowo-bagażowych na międzytorzu obok wejścia na peron lub przy zejściu do tunelu, co było wzorowane na systemie londyńskiego metra [14]. Po zakończeniu budowy je rozebrano [8]. Przystanek został uruchomiony 15 grudnia 1936 roku wraz z elektryfikacją linii [2]. Uruchomienie trakcji elektrycznej umożliwiło skrócenie czasów jazdy o 30% w stosunku do trakcji parowej [8].

W czasie II wojny światowej przystanek funkcjonował bez zakłóceń. W 1944 roku wycofujące się wojska niemieckie wysadziły w powietrze budynek poczekalni [2], a przy pomocy specjalnego urządzenia do niszczenia toru kolejowego (Schienenwolfa) przecinano podkłady w środku toru. Dodatkowo sowieckie wojska kolejowe przekuły na szerokość 1524 mm jeden z dwóch torów tej linii, aby umożliwić transport zaopatrzenia na linię frontu [8].

Tuż po II wojnie światowej kolejarze podjęli odbudowę linii i budynków stacyjnych. Robotami kierował przedwojenny budowniczy inż. Kazimierz Brandt [2], zgodnie z oryginalnym projektem [6]. Ze względu na skalę zniszczeń prace te obejmowały też budowę nowego toru [8]. Odbudowę przystanku Miedzeszyn zakończono w 1948 roku [2].

Po wojnie pokryto całą powierzchnię peronu asfaltem, a budynki peronowe brązową farbą olejną [14].

31 maja 1959 roku (po przyłączeniu Wawra do Warszawy w 1951 roku [2]), przystanek otrzymał nazwę Warszawa Miedzeszyn [3].

Poczekalnia i kasa biletowa zostały zamknięte w 2006 roku [2].

W 2010 roku pojawił się pomysł wyburzenia stacji na linii otwockiej podczas modernizacji trasy Warszawa Wschodnia – Lublin i budowy wąskich peronów po bokach torowiska. By ochronić obiekty, miłośnicy kolei złożyli wniosek o wpis do rejestru zabytków [10] i w tym samym roku zostały (również w Miedzeszynie) wpisane do rejestru zabytków [1] pod numerem 610 [5].

W 2017 roku ZTM w ramach współpracy z PKP PLK wybudował po wschodniej stronie stacji parking na 100 pojazdów. W momencie budowy zakładano, że będzie to parking tymczasowy na okres dziesięciu lat [11].

W 2018 roku przystanek obsługiwał ok. 1600 pasażerów na dobę [1]. W planach była modernizacja przystanku do 2020 roku, m.in. miał zostać odtworzony szyld z nazwą. Prace nie zostały jednak zrealizowane [2]. Obecnie otwory okienne poczekalni zabite są deskami i blachą, a budynek jest zdewastowany [3]. Przystanek jest słabo dostępny dla niepełnosprawnych. Brakuje zadaszonych miejsc siedzących, przejrzystych rozkładów jazdy i oznaczeń wyjść [7].