Instytut Kardiologii im. Prymasa Tysiąclecia Kardynała Stefana Wyszyńskiego (ul. Alpejska #42) to jednostka badawczo-rozwojowa. Instytut prowadzi działalność związaną z monitorowaniem chorób układu krążenia w Polsce, współdziała w kształceniu podyplomowym lekarzy w zakresie kardiologii [1]. Instytut jest największym w Polsce ośrodkiem implantującym sztuczne komory serca oraz prowadzi drugi największy w Polsce program transplantacji serca. Dominują tu operacje trudne, obarczone większą częstością powikłań [4]. Dysponuje 400 łóżkami w klinikach przy ul. Alpejskiej oraz przy ul. Spartańskiej. Dewizą szpitala jest „Nie wystarczy podejść do chorego z wiedzą, doświadczeniem, pilnością i sumiennością. Trzeba mu okazać serce!” [1].

Instytut tworzyły w 2018 roku kliniki: Klinika Kardiologii i Angiologii Interwencyjnej, Klinika Choroby Wieńcowej i Strukturalnych Chorób Serca, Klinika Wad Nabytych Serca, Klinika Wad Wrodzonych Serca, Klinika Niewydolności Serca i Transplantologii, Klinika Zaburzeń Rytmu Serca, Klinika Nadciśnienia Tętniczego, Klinika Kardiochirurgii i Transplantologii, Klinika Intensywnej Terapii Kardiologicznej, Klinika Rehabilitacji Kardiologicznej i Elektrokardiologii Nieinwazyjnej, II Klinika Choroby Wieńcowej, Oddział Kardiomiopatii, Centrum Telekardiologii, Izba Przyjęć i Oddział Szybkiej Diagnostyki [5] oraz zakłady: Zakład Anestezjologii, Zakład Radiologii, Zakład Mikrobiologii i Monitorowania Zakażeń Szpitalnych, Zakład Epidemiologii, Prewencji Chorób Układu Krążenia i Promocji Zdrowia, Zakład Biologii Medycznej, Pracownia Hemodynamiki, Pracownia Tomografii Komputerowej, Pracownia Rezonansu Magnetycznego, Pracownia Nieinwazyjnej Diagnostyki Choroby Wieńcowej, Samodzielna Pracownia Medycyny Nuklearnej, Samodzielna Pracownia Endoskopowa, Ośrodek Badań Przesiewowych Dziedzicznych Chorób Układu Sercowo- Naczyniowego, Samodzielna Poradnia Neurologii i Neurofizjologii Klinicznej, Zespół Poradni Specjalistycznych, Samodzielna Poradnia Lipidowa [6].

Kierowany był przez wybitnych specjalistów, takich jak: prof. Maria Hoffman, prof. Zygmunt Sadowski (1991-2001 [1]), prof. Zbigniew Religa czy prof. Witold Rużyłło [3].

28 maja 2010 roku odsłonięto popiersie patrona, Stefana Kardynała Wyszyńskiego. Rzeźba stanęła na placu przed budynkiem głównym [7].

W listopadzie 2018 roku odsłonięto tablicę upamiętniającą pracowników pierwszej w Polsce Kliniki Kardiologii, założonej w 1954 roku przy Szpitalu Sióstr Elżbietanek [13].

W 1939 roku za terenem dzisiejszego Instytutu Kardiologii przebiegał front, gdzie stacjonowali Niemcy [14].

Teren ten do momentu powstania Instytutu nie był zagospodarowany. Instytut powstał 21 marca 1979 roku [1].

W 2006 roku Instytut był zadłużony. Rozpoczęto wówczas plan naprawczy. Od 2007 roku zaczęto rehabilitować pierwszych pacjentów zdalnie [2]. Przeprowadzono modernizację czterech klinik kardiologicznych. W styczniu 2008 roku zakończono rozbudowę Zakładu Radiologii [8]. W 2009 roku powstał Oddział Intensywnej Opieki Kardiologicznej [3]. W 2010 roku Instytut pozyskał środki na przebudowę i adaptację budynku D na potrzeby przychodni dla chorych z dziedzicznymi chorobami układu sercowo-naczyniowego wraz z pracownią genetyki, pracownią immunologii i salą konferencyjną [3]. Wyodrębniono część konferencyjną na parterze oraz część diagnostyczno-badawczą na I piętrze. W skład zespołu konferencyjnego weszła nowoczesna 200-osobowa aula wraz z zapleczem do obsługi technicznej, oraz dwie 32-osobowe sale seminaryjne (z możliwością połączenia). Wyposażenie pozwala na przeprowadzanie teletransmisji z sal zabiegowych. W skład zespołu diagnostyczno-badawczego weszła przychodnia dla chorych z dziedzicznymi chorobami układu krążenia oraz pracownia immunobiologii. Nastąpiła też modernizacja układu zasilania elektroenergetycznego wraz z budową nowej stacji transformatorowej [10]. Rozpoczęto też budowę hemodynamicznej sali hybrydowej [4], której otwarcie nastąpiło w styczniu 2012 roku [8]. W 2014 roku Pracownia Biologii Molekularnej oraz Pracownia Immunologii zostały przeniesione do nowych pomieszczeń w przebudowanej części [9].