Wojskowy Instytut Medyczny, którego częścią jest Centralny Szpital Kliniczny znajduje się przy ul. Szaserów #128 [4]. Kompleks, mimo częstych zmian nazwy, od dawna potocznie nazywany jest Szpitalem na Szaserów [1]. Szpital na Szaserów jest centralnym ośrodkiem klinicznym, dydaktycznym, konsultacyjnym i naukowo-badawczym wojskowej służby zdrowia [10]. Powstał jako najnowocześniejsza wojskowa placówka medyczna. Mieli tu trafiać najciężej chorzy, wymagający specjalistycznej opieki medycznej. Zatrudniono najlepszych lekarzy i zadbano o nowoczesny sprzęt [2]. Co roku blisko 3 tysiące pracowników z 44 klinik, oddziałów i zakładów, niesie pomoc około 100 tysiącom pacjentów [7], a ponad 90% wszystkich lekarzy wojskowych uzyskało tutaj specjalizację medyczną [10]. Wykonano tu wiele pionierskich w Polsce zabiegów, m.in. pierwsze znieczulenie ogólne przed operacją, pierwszy zabieg przywrócenia prawidłowego rytmu serca u chorego z migotaniem przedsionków czy pierwsze radioizotopowe metody rozpoznawania zatoru płucnego [2].

Szpital zajmuje ponad 22 ha, a łączna powierzchnia budynków to 120 tys. m2 [7]. Na wprost bramy wjazdowej od ul. Szaserów znajduje się główny budynek szpitala. W momencie oddania miał on rzut połączonych ze sobą liter F (bloki A, B, C, D, A1 i D1) i E (bloki E1, E2, E3, E1/2, E2/3). Obecnie został do niego dobudowany blok F, wydłużono blok E1 oraz połączono z sąsiednimi budynkami. Na wewnętrzny dziedziniec, gdzie znajduje się podjazd dla karetek SOR, prowadzi przejazd bramny. Pośrodku placu umieszczona jest fontanna. Zadaszone przejścia umożliwiają przejście kolejno do sąsiednich budynku nr 32 (poradnie specjalistyczne) i 33 (Radioterapia), nr 31 (budynek dyrekcji z Kliniką Onkologii Męskiej, Kliniką Nefrologii i Kliniką Reumatologii) oraz nr 20 (z Kliniką Chorób Infekcyjnych i Alergologii oraz Kliniką Dermatologii). Większość bloków ma 5-6 kondygnacji.

W budynku głównym w bloku A mieści się kaplica św. Rafała Kalinowskiego [21].

Od wschodu ustawiono Szpital Modułowy, znajduje się tu też lądowisko dla helikopterów (działające od 1996 roku, po remoncie w 2011 roku zostało przystosowane do obsługi całodobowej [8]) oraz w budynku nr 27 Hotel Pracowniczy nr 2 (hotel dysponuje pokojami 1-, 2- i 3-osobowymi z łazienkami oraz salą konferencyjną na 50 osób [23]). Na południu, od ul. Szaserów zlokalizowano główny parking. Północną część zajmują budynki nr 18 (Klinika Endokrynologii i Terapii Izotopowej, Zakład Medycyny Nuklearnej, Centrum Kształcenia Podyplomowego), nr 26 (Klinika Psychiatrii i Stresu Bojowego), pracownia PET-SYNEKTIK, nr 10 (Zakład Patomorfologii wraz z prosektorium i kostnicą, zapewne obok znajduje się ciepłownia połączona z rampą kolejową), nr 4 (Stacja Kontroli Pojazdów) i mniejsze budynki, m.in. nr 1 (komora hiperbaryczna), nr 4 (serwis opon). Od północy przez teren szpitala prowadzi bocznica kolejowa.

Od ul. Garwolińskiej znajduje się ogólnodostępne ujęcie wody oligoceńskiej [3].

W 2022 roku strukturę Instytutu tworzyło sześć ośrodków (Ośrodek Kliniczny Chorób Głowy i Szyi – blok E1, Ośrodek Kliniczny Chorób Układu Pokarmowego, Ośrodek Kliniczny Schorzeń Narządu Ruchu, Traumatologii i Psychoneurologii, Ośrodek Kliniczny Intensywnej Terapii i Opieki Specjalnej, Ośrodek Diagnostyki Medycznej) oraz poradnia POZ i kilkanaście poradni specjalistycznych: Alergologiczna, Chorób Zakaźnych, Dermatologiczna (bud. 20), Alergologiczna dla Dzieci, Alergologii i Immunologii, Audiologiczno-Foniatryczna, Chirurgii Twarzowo-Szczękowej, Chorób Piersi, Gabinet Urodynamiczny, Immunologii Klinicznej, Kardiologiczna, Leczenia Bólu, Nefrologiczna dla Dzieci, Okulistyczna, Otolaryngologiczna, Pediatryczna, Rehabilitacyjna, Traumatologii i Ortopedii (bud. główny), Chirurgii Naczyniowej, Chirurgii Ogólnej, Chirurgii Onkologicznej, Chirurgii Plastycznej, Endokrynologiczna, Ginekologiczna, Gastroenterologiczna, Hematologiczna, Kardiochirurgii, Nefrologiczna, Neurochirurgiczna, Neurologiczna, Osteoporozy, POZ, Reumatologiczna, Urologiczna (bud. 32, tzw. żywieniowy), Onkologiczna, Radioterapii (bud. 33), Poradnia Zdrowia Psychicznego (bud 26) [22].

Szpital pojawił się jako jedna z lokacji m.in. w filmie fabularnym "Beata" z 1964 roku [11].

Przeszłość Instytutu sięga międzywojennego Szpitala Ujazdowskiego (Szpitala Szkolnego Centrum Wyszkolenia Sanitarnego), pierwszego szpitala wojskowego w Warszawie [1]. Po II wojnie światowej przystąpiono do uruchomienia szpitala MON. Miał on być szpitalem pełnoprofilowym (z liczbą 180 łóżek) z polikliniką, zapewniającym wszechstronną opiekę lekarską oficerom i podoficerom Ludowego Wojska Polskiego oraz członkom ich rodzin. Otwarto go 10 listopada 1945 roku [10] jako Szpital Ministerstwa Obrony Narodowej przy ul. Koszykowej 78 [1], przejmując wyposażenie po 43 Polowym Szpitalu Ewakuacyjnym [5]. Pierwszym komendantem został mjr lek. Antoni Kaczkowski [10].

W 1948 roku pojawił się pomysł budowy nowego gmachu. Rozważano lokalizację na terenie dawnego Szpitala Ujazdowskiego, jednak wybrano lokalizację na Grochowie. Komitetem Budowy Szpitala kierował gen. dyw. prof. dr. Bolesław Szarecki [1]. Przed budową szpitala były w planowanym miejscu pola uprawne. Teren przy ul. Szaserów miał możliwość połączenia z miejskimi sieciami, dostępu do linii kolejowej oraz dobre perspektywy komunikacyjne z centrum stolicy. Zakładano, że będzie to centralny szpital kliniczny MON na około 1000 łóżek. W końcowej fazie budowy dostosowano obiekt do prowadzenia prac naukowo-badawczych, w specyfice wojskowej służby zdrowia [7]. Projekt opracowało I Okręgowe Biuro Projektów w Warszawie. Głównym projektantem był arch. Włodzimierz Zieleniewski, a koordynatorem MON został płk dr med. Piotr Goździk. Nadzór nad budową sprawował płk dr n. med. Czesław Półtorak [12].

W lutym 1952 roku Szpital przy Koszykowej został przemianowany na Centralny Szpital Ministerstwa Obrony Narodowej, co wynikało z rozpoczęcia działalności naukowej [1]. Kierownikami oddziałów zostali chirurg płk doc. dr Tadeusz Bętkowski, interniści płk prof. dr Mieczysław Fejgin i kpt. doc. dr Mieczysław Kędra, oraz ginekolog płk dr Stanisław Bazarewski [12]. W tym samym roku prof. Dymitr Aleksandrow wydał pierwszy w kraju podręcznik elektrokardiografii klinicznej [10]. 1 marca 1956 roku do Szpitala dołączono Centralną Przychodnię Lekarską MON oraz Wojskowe Pogotowie Lekarskie Garnizonu m.st. Warszawy [6]. 9 maja 1958 roku [12] nastąpiła reorganizacja szpitala związana z powstaniem Wojskowej Akademii Medycznej, w której struktury włączono Centralny Szpital MON, nadając mu nazwę 2. Centralnego Szpitala Klinicznego WAM. Rozpoczęto zajęcia dydaktyczne z zakresu doskonalenia podyplomowego i specjalistycznego [1]. Komendantem został płk lek. Stanisław Noworyta [12].

W 1959 roku przy ul. Szaserów stanął budynek dostosowany do prowadzenia działalności medyczno-usługowej, z dobrze wyposażonym zapleczem laboratoryjno-diagnostycznym [12]. Budowę zakończono 9 października 1964 roku, a oficjalne otwarcie odbyło się 12 października 1964 roku. Kadra wywodziła się ze zlikwidowanego 1. Wojskowego Szpitala Okręgowego oraz 2. Centralnego Szpitala Klinicznego Wojskowej Akademii Medycznej [1]. Komendantem został płk lek. Tadeusz Rożniatowski. Zespól szpitalny przy ul. Koszykowej zachowano jako filię [6]. Już w 1964 roku wykonano w szpitalu pierwszy w Polsce zabieg dializy otrzewnowej u chorego z zaostrzeniem przewlekłej niewydolności nerek, a w 1965 roku rozpoczął pracę jeden z pierwszych w kraju Ośrodek Intensywnej Opieki Internistycznej [12].

W lipcu 1967 roku powołano Instytut Kształcenia Podyplomowego WAM na prawach wydziału [1]. Komendantem Instytutu został płk prof. Dymitr Aleksandrow [10]. Od 1970 roku Instytut posiadał prawo do przeprowadzania przewodów doktorskich i habilitacyjnych [1]. W kwietniu 1973 roku na ul. Szaserów przeniesiono Oddział Obserwacyjno-Zakaźny wraz z Gabinetem Medycyny Tropikalnej, a w 1974 roku Klinikę Chirurgii [12].

Od 2 sierpnia 1974 roku Instytut funkcjonował pod nazwą Centrum Kształcenia Podyplomowego Wojskowej Akademii Medycznej [1]. Komendantem mianowano płk. prof. Sylwestra Czaplickiego [10]. Był to wiodący krajowy wojskowy ośrodek konsultacyjny oraz baza rozwoju naukowego kadr medycznych. Wydzielono cztery instytuty oraz szereg samodzielnych klinik, zakładów i pracowni [1]. Szpital jako pierwszy w Polsce wprowadził wysoce wydajny sprzęt dializacyjny firmy GAMBRO, a w 1979 roku wdrożył ciągłą ambulatoryjną dializę otrzewnową (CADO). W 1977 roku rozpoczęła działalność pracownia echokardiografii, w której w następnych latach opracowano własną oryginalną metodę echokardiograficznych badań kontrastowych [12] za pomocą 0,9% roztworu soli fizjologicznej [10]. Opracowano inwazyjne metody elektrofizjologiczne do oceny zaburzeń rytmu i przewodzenia, rozpoczęto wykonywanie diagnostycznych badań laparoskopowych z celowanymi biopsjami wątroby, monitorowanie ciśnienia wewnątrzczaszkowego (ICP) czujnikiem dokomorowym [12]. W Klinice Chirurgii Dziecięcej wykonano pierwsze w Polsce operacje u dzieci niedrożności dróg żółciowych sposobem Kasai-Kimury, operację koarktacji aorty z użyciem płata z tętnicy podobojczykowej sposobem Waldheima-Hamiltona i operację torbieli dróg żółciowych. Unikalne metody leczenia dróg moczowych wdrażał prof. Zygmunt Kaliciński [10].

W 1983 roku oddzielono od pionu naukowo-badawczego Centralny Wojskowy Szpital Kliniczny [1]. Komendantem został płk prof. dr hab. med. Tadeusz Orłowski [12]. Obie placówki po trzech latach ponownie połączono, tworząc Centralny Szpital Kliniczny Wojskowej Akademii Medycznej, jedną z pięciu podstawowych jednostek organizacyjnych WAM [1]. Na stanowisko komendanta powołano płk. prof. dr. hab. med. Henryka Chmielewskiego [12].

Osiągnięciem w latach 80-tych XX wieku było zbadanie genetycznie uwarunkowanego niedoboru makrofagopoetyny u myszy z osteopetrozą. Była to pierwsza w świecie zidentyfikowana choroba braku cytokiny krwiotwórczej. 28 listopada 1984 roku przeprowadzono z wynikiem pozytywnym pierwszy przeszczep szpiku (drugi taki udany zabieg na świecie). W 1985 roku wykonano pierwszy w Polsce przeszczep autologicznego szpiku u dziewczynki chorej na ostrą białaczkę limfoblastyczną. Przez wiele lat był tu jedyny w Polsce ośrodek transplantacji szpiku kostnego [1]. W 1986 roku po raz pierwszy w Polsce przeprowadzono udaną autotransplantację krążących we krwi obwodowej komórek macierzystych, a w 1989 roku również po raz pierwszy przedstawiono wartość mikroskopii kontrastowo fazowej w diagnostyce różnicowej krwinkomoczu u dorosłych [12]. Lata 80-te XX wieku to również leczenie przewlekłych chorób trzustki 5-fluoroyracylem, prowadzenie badań kinetyki kwasów żółciowych czy opracowanie leczenia zapaleń wątroby i cholestazy wewnątrzwątrobowej [10].

Badania w latach 90-tych XX wieku koncentrowały się na medycynie eksperymentalnej, genetyce, chemioterapii, diagnostyce molekularnej i immunoterapii nowotworów. Prowadzono doświadczenia nad hodowlą makrofagów. Funkcjonowała pracownia hodowli komórkowych in vitro, pracownie biologii molekularnej i mikroskopowa. Stosowano nowatorską w skali kraju chirurgię laparoskopową i angioplastykę przezskórną tętnic nerkowych. Dokonano pierwszych w wojskowej służbie zdrowia przeszczepów nerek, wprowadzono kriochirurgiczne leczenie chorób układu żylnego czy operacje bariatryczne. W kursach doszkalających brało rocznie udział 700-800 osób [1]. Uruchomiono kliniczne oddziały intensywnej opieki medycznej, radioterapii, angiografii, ośrodek tomografii komputerowej, oddział dla obłożnie chorych [10], po raz pierwszy dobudowano nowe obiekty na terenie szpitala.

W związku z wprowadzoną reformą służby zdrowia w styczniu 1999 roku Szpital uzyskał osobowość prawną i stał się samodzielny [10]. Przemianowano go na Centralny Szpital Kliniczny WAM z Polikliniką Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej. Pojawiła się wówczas nowa Pracownia Tomografii Komputerowej [1].

27 listopada 2002 roku szpital przekształcono w jednostkę badawczo-rozwojową pod nazwą Wojskowy Instytut Medyczny z Centralnym Szpitalem Klinicznym Ministerstwa Obrony Narodowej [1]. Obowiązki dyrektora powierzono dotychczasowemu Komendantowi CSK WAM gen. bryg. prof. dr. hab. n. med. Markowi Maruszyńskiemu [12].

W 2003 roku Instytut zatrudniał 25 profesorów i 25 doktorów habilitowanych. Uruchomiono nowe ośrodki badawcze zajmujące się medycyną pola walki oraz medycyną morską i tropikalną [25].

W latach 2002-2008 przeprowadzono generalny remont wielu klinik. Utworzono Szpitalny Oddział Ratunkowy, Klinikę Psychiatrii i Stresu Bojowego, Ośrodek informatyczny ze stacją konferencji telemedycznych. Zmodernizowano diagnostykę obrazową radiologiczną poprzez zakupienie 64-rzędowego tomografu komputerowego i wyposażono Klinikę Rehabilitacji [17]. 24 stycznia 2008 roku nastąpiło uruchomienie pierwszego w województwie mazowieckim Centrum PET-CT, finansowanego ze środków zewnętrznych [17]. W 2010 roku powołano Mazowieckie Centrum Urazowe, a w nim Zespół Psychotraumatologiczny Kliniki Psychiatrii i Stresu Bojowego [1].

10 grudnia 2014 roku miało miejsce otwarcie skrzydła F szpitala o powierzchni prawie 6 tys. m2 powierzchni użytkowej. Do budynku przeniosły się m.in. poradnia kardiologiczna wraz z pracownią elektrofizjologii i hemodynamiki, pracownia mikrobiologii zakładu diagnostyki laboratoryjnej oraz rozbudowany oddział intensywnej opieki medycznej. Inwestycja kosztowała 38.2 mln zł, z czego 35.7 mln zł pochodziło z dotacji MON [15].

W latach 2015-2017 powstał na północ od budynku nr 32 nowy budynek Radioterapii dla potrzeb Kliniki Onkologii. Został zaprojektowany jako dwubryłowy, połączony z kompleksem. Na III piętrze umieszczono Zakład Onkologii Molekularnej oraz Laboratorium Zakładu Prewencji Nowotworów, na I i II piętrze zlokalizowano Odział Onkologiczny, na parterze izbę przyjęć, chemioterapię dzienną oraz część laboratoryjną, natomiast na poziomie -1 powstały trzy pomieszczenia akceleratora (bunkry) ze sterownią i przebieralniami pacjenta, pomieszczenie symulatora, pracownie: CT, modelarni i brachyterapii. Pracę wykonał IDS-BUD [14].

W czerwcu 2016 roku wyremontowano Klinikę Chorób Wewnętrznych, Pneumonologii, Alergologii i Immunologii Klinicznej [19], a w sierpniu 2016 roku Instytut wzbogacił się o nowoczesny ośrodek dializoterapii. Nowa stacja dializ kosztowała prawie 9.7 mln zł, z czego 7.8 mln zł pochodziło z budżetu MON. Na ponad 1200 m2 powstało 25 stanowisk dla pacjentów, dwie separatki, wydzielona sala przeznaczona dla chorych na WZW typu C oraz nowoczesne pomieszczenia do prowadzenia dializy otrzewnowej [9]. Powstała też specjalna stacja uzdatniania wody. Stacja umożliwia dializy ok. 100 pacjentów w ciągu dwóch dni [16].

W maju 2019 roku wyremontowano i wyposażono Klinikę Pediatrii, Nefrologii i Alergologii Dziecięcej. Przebudowano wszystkie pomieszczenia oraz wymieniono wszystkie instalacje. Powstały komfortowe, klimatyzowane sale chorych z łazienkami. Dzieciom w trakcie pobytu w klinice będą mogli towarzyszyć rodzice. Koszt dofinansowania wyniósł 13 mln zł [20]. W 2021 roku Klinika została przebudowana na Oddział Jednego Dnia [24].

W latach 2020-2021 powstał budynek Kliniki Okulistyki (na przedłużeniu budynku E1), rozbudowano Pracownię Rezonansu Magnetycznego (obok bloku E2/3), przebudowano pomieszczenia Kliniki Neurologii, Oddział Szybkiej Diagnostyki i Terapii Neurologicznej, Centrum Wsparcia Badań Klinicznych oraz Kliniki Ginekologii i Ginekologii Onkologicznej [24].

W lutym 2021 roku na północ od lądowiska dla helikopterów został uruchomiony szpital modułowy, przeznaczony dla chorych na COVID-19. Był to pierwszy tego typu szpital w Polsce. Powstało 66 stanowisk intensywnej terapii wyposażonych w respiratory i kardiomonitory z możliwością rozszerzenia do 124 pacjentów [13].